Os grupos de trabalho são criados especialmente para tratar de um assunto impar que venha a surgir nas discussões relacionadas a temática do comitê.
Quanto existem dúvidas para a necessidade de criação de uma deliberação, por exemplo, a plenária ou até mesmo as câmaras técnicas podem pedir a criação de um GT (grupo de trabalho).
Dependendo da importancia do tema e as demandas do colegiado, este GT pode ser mais ou, menos duradouro.
O Comitê de Bacia Hidrográfica do Tietê-Jacaré possui instituido três GTs: de Governança, de Comunicação e de Capacitação.