A UGRHI-13 engloba três rios principais, o Rio Tietê (em um total de 150 km da barragem de Barra Bonita até a barragem de Ibitinga), o Rio Jacaré-Guaçu e o Rio Jacaré-Pepira e seus tributários. A bacia está divida em 6 sub-bacias, e possui uma área de drenagem de 11.803,87 km. As sub-bacias são:
Quanto à quantidade e qualidade da água dos aquíferos, existem na bacia sérios problemas, seja pela sua superexploração, ou pela indução de águas contaminadas, de acordo com as atividades desenvolvidas na superfície. Na UGRHI-13 as águas subterrâneas são muito significativas tanto na captação para as diversas finalidades de uso quanto em termos de reserva.
Quanto à qualidade dos recursos hídricos, cabe destacar que as cargas poluidoras são principalmente de origem domiciliar, efluentes industriais, resíduos sólidos domiciliares, industriais, de serviços de saúde e agrícolas.